Małgorzata zmarła 18 stycznia 1270 roku w wieku 28 lat. Wyspę Lepri nazwano wyspą św. Małgorzaty i tak do dzisiaj się ona nazywa. Do grobu Małgorzaty spieszyły tłumy Węgrów. w tej chwili grób ten jest zachowany, ale pusty, ponieważ szczątki Małgorzaty przeniesiono w 1782 r. do klasztoru klarysek w Pozsony (obecnie Bratysława), po kasacie klasztoru w Budapeszcie. Relikwie częściowo zniszczono w 1789 roku, a ocalałe części znajdują się w Esztergomie (Ostrzyhomiu), Gyor i Pannonhalmie. Proces beatyfikacyjny wymienia ok. 300 niezwykłych łask, otrzymanych za wstawiennictwem Małgorzaty. 28 lipca 1789 Papież Pius VI zaliczył ją w poczet błogosławionych, a w poczet świętych włączył ją Pius XII 19 listopada 1943 roku.