W roku 997 wraz z cesarzem Ottonem III udał się do Rzymu. Tu w roku następnym (998) wdział habit benedyktyńskiego mnicha na Awentynie w opactwie świętych Bonifacego i Aleksego. Pięć lat wcześniej w tym samym klasztorze przebywał św. Wojciech i bł. Radzim. Brunon otrzymał jako imię zakonne Bonifacy. W roku 999 złożył śluby zakonne. W tym samym czasie zaprzyjaźnił się ze św. Romualdem, który miał już sławę świętego męża i ojca nowej rodziny zakonnej. W roku 1001 Bonifacy znalazł się wśród jego synów duchowych w eremie Pereum koło Rawenny. W tym samym roku jesienią udała się do Polski pierwsza grupa kamedułów z Pereum: św. Jan i św. Benedykt. Misję tę zorganizował św. Romuald na prośbę cesarza Ottona III i króla polskiego, Bolesława Chrobrego. Mieli oni działać wśród Słowian nadodrzańskich. Do nich to miał się dołączyć Brunon. Dla wyjednania misji odpowiednich przywilejów papieskich św. Romuald wysłał go do Rzymu. Papież Sylwester II chętnie udzielił wszystkich potrzebnych dla misjonarzy indultów. Brunon otrzymał także od Papieża paliusz, a więc tym samym nominację na metropolitę misyjnego. Dawało mu to uprawnienia do mianowania biskupów na terenach misyjnych.