Jan de Brito urodził się w arystokratycznej rodzinie w dniu 1 marca 1647 r. w Lizbonie. Kiedy jako dziecko ciężko zachorował, jego matka, spokrewniona z lizbońskim dworem, wezwała orędownictwa św. Franciszka Ksawerego, oddając swego syna pod jego opiekę. Jan wyzdrowiał. Stał się ulubionym towarzyszem Don Pedro, który został później królem Portugalii. Janowi jednak nie wystarczyło noszenie habitu misjonarza i podążanie śladami św. Franciszka Ksawerego.
Mając 15 lat, w 1662 r. wstąpił do Towarzystwa Jezusowego mimo sprzeciwu rodziny i przyjaciół. W czasie studiów wykazał się dużą bystrością i zdolnościami, dlatego po święceniach starano się go zatrzymać w Portugalii. Jan jednak bardzo chciał nieść Ewangelię na Daleki Wschód. W 1673 r. wyruszył w podróż do Goa (południowe Indie) z 16 innymi jezuitami.
