W roku 1596 rozpoczął studia na uniwersytecie w Barcelonie, który prowadzili wówczas jezuici. Zawarł z nimi przyjaźń i wstąpił w ich szeregi. W latach 1602-1604 odbył nowicjat i złożył pierwsze śluby. Studia teologiczne Piotr odbywał w Barcelonie (1608-1610). Właśnie w tym czasie jezuici otworzyli w Kolumbii misję. Piotrowi nakazano przerwać studia i wyjechać tam do pracy wśród niewolników, których wówczas masowo zwożono z Afryki. Przewożeni w najprymitywniejszych warunkach, często nieszczęśliwi, nie wytrzymywali długiej podróży. Bezceremonialnie wyrzucano ich wtedy na pożarcie rekinom, które gromadami towarzyszyły tragicznym konwojom. Wstrząśnięty niedolą i krzywdą tych braci Piotr Klawer oddał się posłudze wobec nich; stał się niewolnikiem niewolników. Swoim bezgranicznym poświęceniem chciał chociaż w małej części wynagrodzić im krzywdę. Na kartce formuły ślubów zakonnych Piotr dopisał znamienne słowa: Piotr Klawer, sługa Etiopczyków. Tak wówczas ich nazywano. Święcenia kapłańskie Piotr otrzymał w 1616 r. w Kartagenie.