Prezydent Czech Petr Pavel, zakwestionował konstytucyjność ratyfikowanego już przez parlament konkordatu. Jego zdaniem umowa przyznaje Kościołowi katolickiemu nieuzasadnione przywileje.
W oświadczeniu przesłanym do Sądu Konstytucyjnego Petr Pavel stwierdził, iż „traktat jako całość narusza podstawowe zasady konstytucyjne naszego państwa jako suwerennego, świeckiego i republikańskiego państwa”, przekazał czeski dziennik „Deník N”.
Umowa, która czekała na zawarcie 22 lata i została już ratyfikowana przez obie izby parlamentu, reguluje status Kościoła katolickiego, stanowiąc między innymi, iż państwo gwarantuje pełną wolność myśli, sumienia i wyznania zgodnie z porządkiem prawnym.
Gwarantuje też prawo do odmowy służby wojskowej i odmowy świadczenia usług medycznych ze względu na sumienie. Wprowadza ponadto śluby konkordatowe i stanowi, iż Republika Czeska i Kościół katolicki mają współpracować w zakresie ochrony i zachowania dziedzictwa kulturowego.
Najwięcej kontrowersji budzi prawo do tajemnicy spowiedzi. Krytycy obawiają się, iż może ono prowadzić do ochrony przestępstw, w tym nadużyć. To skłoniło senatorów do zwrócenia się do Trybunału Konstytucyjnego o dokonanie przeglądu.
Pavel zwrócił uwagę na problematyczne aspekty umowy ze Stolicą Apostolską, stwierdzając, iż ustanawia ona „uprzywilejowaną pozycję Kościoła katolickiego”.
Rzeczniczka prezydenta Karolína Blinková, wyjaśniła dziennikowi „Deník N”, iż głowa państwa jest prawnie zobowiązana do udziału w przeglądach umów międzynarodowych. Zakończenie procesu ich ratyfikacji wymaga bowiem jego podpisu.
Pavel nie ma terminu na podpisanie konkordatu i zamierza poczekać na orzeczenie sądu. jeżeli traktat zostanie ratyfikowany, Czechy dołączą do 64 państw posiadających umowy konkordatowe z Watykanem.
Polska zawarła konkordat w 1993 r. Dokument ratyfikacyjny podpisał prezydent Aleksander Kwaśniewski 23 lutego 1998 r. Tego samego dnia traktat ratyfikował również papież Jan Paweł II. Umowa weszła w życie 25 kwietnia 1998 r.