Początkowo uczęszczał do szkoły katedralnej w rodzinnym mieście, gdzie nauczył się czytania i pisania zarówno w języku staro-cerkiewno-słowiańskim, jak i w języku polskim. Później rodzice, którzy chcieli, by zajął się kupiectwem, wysłali go do Wilna, gdzie terminował u znajomego kupca Jacentego Popowicza. Tam zetknął się z unitami - katolikami obrządku wschodniego, którzy w Wilnie sprawowali liturgię w cerkwi Świętej Trójcy.W tym okresie Jan zbliżył się do grekokatolików. Zaprzyjaźnił się z Genadijem Chmielnickim, studentem Seminarium Papieskiego w Wilnie, z Piotrem Arkadiuszem, uczonym grekokatolickim, bardzo zasłużonym dla unii, oraz z Janem Welaminem Rutskim, który w Rzymie ukończył Kolegium Ruskie i przystąpił do unii. Zetknął się także z jezuitami. Dzięki tym kontaktom poszerzył swoją wiedzę i wzrastał duchowo.