Mszę świętą pogrzebową w katedrze św. Wita odprawił prymas Czech, praski ksiądz arcybiskup Jan Graubner, natomiast ostatnie obrzędy poprowadził ks. abp Jude Thaddeus Okolo, nuncjusz apostolski w Czechach. Podczas liturgii zabrzmiało Requiem b-moll, op. 89 Antoniego Dvořáka. Dary do ołtarza przyniósł jeden ze współwięźniów ks. kard. Dominika Duki. Nad jego trumną zabrzmiała też modlitwa w języku ormiańskim, a po hebrajsku odśpiewano Psalm XVI. Był to wymowny wyraz sympatii, jaką cieszył się zmarły purpurat wśród Ormian i Żydów.