Spotkał go jednak zawód: był mulatem, a jego ojciec był nieznany, dlatego dominikanie według ówczesnego zwyczaju nie mogli go przyjąć. Młodzieniec bardzo nad tym bolał. Zgodził się być tercjarzem dominikańskim, a choćby spełniać najniższe posługi, aby tylko pozostać w Zakonie. Kiedy ojciec dowiedział się o tym, oburzony, chciał syna wyrwać z klasztoru. Nie mógł bowiem znieść, iż syn gubernatora jest sługą w klasztorze. Marcin pozostał jednak niewzruszony. Dominikanie widząc w nim tak wielki skarb, przyjęli go wreszcie do zakonu w charakterze brata zakonnego i pozwolili mu złożyć śluby. Uroczystą profesję złożył 2 czerwca 1603 r., gdy miał 24 lata. Marcin wyróżniał się nie tylko pokorą i posłuszeństwem zakonnym, ale również niezwykłą pobożnością. Świecił przykładem umiłowania Eucharystii. Nie mając czasu w ciągu dnia, długie nocne godziny poświęcał na adorację Najświętszego Sakramentu. Często się biczował, by wynagrodzić Panu Bogu za grzechy ludzkie, a grzesznikom wyjednać nawrócenie. Zatapiał się często w rozważaniu Męki Pańskiej. Ku podbudowaniu ojców nabył ducha kontemplacji w tak wysokim stopniu, iż widziano go często zalanego łzami, a choćby unoszącego się w zachwycie w powietrzu. Pan Bóg obdarzył go także darem przepowiadania, czytania w sercach i w sumieniach, a choćby rzadkim darem bilokacji, jak to stwierdzono w procesie kanonizacyjnym. Po porady przychodzili do niego liczni petenci – choćby sam arcybiskup Limy często radził się go w trudnych sprawach.