Tak gorliwa praca przeszkadzała miejscowym liberałom i masonerii. Cztery razy dokonywano zamachów na jego życie. Spalono mu dom. W roku 1856 został raniony przez człowieka, którego konkubinę nawrócił. Rozpoczęto tak gwałtowną kampanię przeciwko Antoniemu, iż rząd hiszpański musiał się ugiąć i odwołać go z Kuby (1857). Antoni wrócił więc do Hiszpanii. Królowa Izabela II powołała go na swojego osobistego spowiednika. Dzięki jej poparciu założył wśród kapłanów Konferencje św. Wincentego a Paulo dla wspierania ubogich, głosił przez cały czas niestrudzenie misje, popierał katolicką prasę i założył Akademię św. Michała Archanioła, skupiającą artystów. Królowa mianowała go nadto prezydentem królewskiego klasztoru w Escorial i protektorem szpitala w Montserrat. Z królową objeżdżał kraj, głosząc kazania i zakładając bractwa: matek katolickich, bibliotek popularnych itp. Był wychowawcą dzieci królewskich. Kiedy w 1868 r. wybuchła w Hiszpanii rewolucja, królowa musiała schronić się do Francji. Antoni udał się wraz z nią do Pau i Paryża. W tym samym roku pojechał do Rzymu, gdzie wziął udział w złotym jubileuszu kapłaństwa Piusa IX, a zaraz potem – w Soborze Watykańskim I, na którym zdecydowanie bronił dogmatu o nieomylności Papieża. W roku 1870 musiał jednak opuścić Rzym, gdyż zapadł ciężko na zdrowiu. Udał się więc do Francji, gdzie byli jego synowie duchowni, wypędzeni wraz z nim z Hiszpanii. Kiedy tylko poczuł się lepiej, zdecydował się wrócić do Rzymu, ale zmarł w drodze rażony apopleksją 24 października 1870 r. Ponieważ Antoni Maria Klaret zostawił po sobie wiele dzieł, jego proces beatyfikacyjny trwał długo; dopiero w roku 1934 Pius XI wyniósł go do chwały błogosławionych, a Pius XII w Roku Świętym 1950 – do grona świętych. Antoni zostawił po sobie ponad 200 pism religijnych, które wydrukował w łącznym nakładzie ok. 9 milionów egzemplarzy. Samych katechizmów wydał drukiem ok. 4 milionów egzemplarzy. Słynny katechizm Camino recto (pierwsze wydanie 1843), który ozdobił własnoręcznymi ilustracjami, stał się prekursorem współczesnych katechizmów dla dzieci, które dziś trudno sobie wyobrazić bez obrazków.