Zdecydował się wstąpić do nowicjatu jezuitów. W Meksyku nastał antyklerykalny rząd, który rozwiązał wszystkie zakony. Nowicjuszy przeniesiono wtedy do Kalifornii. Po złożeniu ślubów czasowych Michał wyjechał do Europy, by studiować filozofię i teologię w Hiszpanii i Belgii. Na kapłana wyświęcony został w 1925 r., kiedy to w obliczu antychrześcijańskich nastrojów w wielu częściach świata papież Pius XI ustanowił uroczystość Chrystusa Króla Wszechświata. Mimo iż po powrocie do ojczyzny w Meksyku przez cały czas panowały antykatolickie rządy, Michał potajemnie odprawiał Msze święte w domach prywatnych, spowiadał, udzielał sakramentów i odwiedzał chorych, bo katolicy pozbawieni zostali przez liberalny reżim możliwości uczestniczenia w Eucharystii i posługi kapłańskiej. Wspomagał chętnie ubogich, organizując dla nich pomoc.