W tym też roku Maria Merkert została wybrana na pierwszą przełożoną generalną Zgromadzenia Sióstr św. Elżbiety. Funkcję tę pełniła przez 13 lat, aż do śmierci. 5 maja 1860 r. złożyła śluby zakonne: oprócz czystości, ubóstwa i posłuszeństwa – także posługi chorym i najbardziej potrzebującym. W Nysie wybudowała dom macierzysty, a pod jej kierownictwem powstało 90 domów zakonnych, 12 szpitali i wiele domów opieki aż w 9 diecezjach (chełmińskiej, gnieźnieńsko-poznańskiej, warmińskiej, wrocławskiej, Fulda, Ołomuniec, Osnabrück, Praga, Paderborn) i 2 wikariatach apostolskich (Saksonii i Szwecji). 7 czerwca 1871 r. Papież Pius IX udzielił aprobaty założonemu przez nią zgromadzeniu. Zmarła w opinii świętości 14 listopada 1872 w Nysie. W chwili śmierci matki założycielki zgromadzenie liczyło 465 sióstr w 87 domach. w tej chwili jej doczesne szczątki spoczywają w marmurowym sarkofagu w kościele św. Jakuba i św. Agnieszki. Proces beatyfikacyjny przeprowadzono w latach 1985-1997. Dekret o heroiczności cnót ogłosił Papież św. Jan Paweł II 20 grudnia 2004 r., a Papież Benedykt XVI w czerwcu 2007 r. zatwierdził dekret o cudzie za wstawiennictwem Marii Merkert. Za cud konieczny do beatyfikacji zostało uznane uzdrowienie z gruźlicy jednej z elżbietanek, siostry Miry. 30 września 2007 r. w Nysie odbyła się uroczystość beatyfikacyjna. Na obrazie beatyfikacyjnym przedstawiono scenę oddania przez bł. Matkę Marię Mekert swoich butów ubogiej proszącej u furty klasztornej.