Ojciec Pio posiadał dar bilokacji, z którego bardzo często korzystał, aby nieść pomoc ludziom będącym w potrzebie. Kiedyś zwierzył się, iż śpi tylko siedem godzin w roku. Dla niego dzień bilokacji rozpoczynał się, kiedy kładł się na nocny spoczynek. Udawał się w bilokacjach tam, gdzie posyłał go Chrystus, do konkretnych osób, z duchowym wsparciem, radą i pomocą. W tych "bilokacyjnych podróżach" często towarzyszyli mu św. Antoni Padewski lub św. Franciszek z Asyżu. Faktu bilokacji nie da się racjonalnie wytłumaczyć. Przypuszcza się, iż duch opuszcza ciało i udaje się w inne miejsce, natomiast ciało pozostaje w bezruchu. Kiedy św. Alfons Liguori udał się w bilokacji do Rzymu, aby być przy śmierci papieża Klemensa XIV i uczestniczyć w jego pogrzebie, przez dwa dni siedział jak skamieniały w fotelu, w miejscu swego zamieszkania. Zjawisko bilokacji w życiu o. Pio jest bogato udokumentowane.
Obronił San Giovanni Rotondo przed zbombardowaniem
Piloci wojsk alianckich stacjonujących w okolicach Bari od września 1943 r. byli podczas lotów świadkami nadzwyczajnych spotkań. Za każdym razem, kiedy odbywali loty bojowe i zbliżali się w okolice San Giovanni Rotondo, widzieli pojawiającego się na niebie zakonnika, który nie dopuszczał do zrzucenia bomb i zawracał samoloty. Wszystkie miejscowości w okolicy były mocno bombardowane, natomiast na San Giovanni Rotondo nie spadła ani jedna bomba. "Kiedy piloci wracali po wykonaniu lotu - wspomina generał Rossini - opowiadali, iż w pewnym momencie na niebie ukazywał się im zakonnik i wtedy samoloty natychmiast same zmieniały kurs".
Początkowo wielu nie dowierzało tym nieprawdopodobnym historiom. Jednak kiedy coraz więcej pilotów dzieliło się podobnymi doświadczeniami (a byli wśród nich Amerykanie, Anglicy, Polacy, Żydzi, katolicy, protestanci, niewierzący), naczelny dowódca, którym był amerykański generał, postanowił osobiście sprawdzić wiarygodność tych opowieści.
Poprowadził eskadrę bombowców, która miała zniszczyć niemiecki magazyn amunicji, znajdujący się w pobliżu San Giovanni Rotondo. Była to któraś z kolei misja, wszystkie poprzednie nie powiodły się, z powodu tajemniczej zjawy pojawiającej się na niebie.
Wszyscy w napięciu czekali, jak tym razem powiedzie się lot bombowe; Kiedy eskadra wróciła do bazy, ameryf kański generał był w prawdziwym szoku. Opowiedział, iż kiedy byli już blisko celu bombardowania, nagle zauważyli na wysokości lecących samolotów, postać zakonnika ze wzniesionymi rękami. W pewnym momencie we wszystkich samolotach bomby samoczynnie się odczepiły spadając na okoliczne lasy. Natomiast samoloty, same, bez ingerencji pilotów wróciły w kierunku bazy. Wydarzenie to stało się głownym temeatem tematem rozmów w całej jednostce. W czasie dyskusji ktoś zasugerował, iż tym zakonnikiem może być stygmatyzowany o. Pio, przebywający w klasztorze w San Giovanni Rotondo. Generał stwierdził, iż jak tylko przesunie się linia frontu, to osobiście pojedzie do klasztoru, aby to sprawdzić. Kiedy Niemcy wycofali się Generał wybrał się z kilkoma pilotami do San Giovanni Rotondo. Przy wejściu do zakrystii natychmiast zauważył, iż w grupie zakonników jest ten, który zawracał samoloty. Ojciec Pio podszedł do generała, położył mu rękę na ramieniu i powiedział: "To ty chciałeś nas wszystkich wysadzić w powietrze!". Słysząc te słowa i widząc o. Pio generał przeżył duchowy wstrząs. Później długo jeszcze rozmawiali ze sobą, doskonale się rozumieli, chociaż generał mówił po angielsku, a o. Pio w swoim rodzinnym dialekcie z Benewentu. Po tym spotkaniu, generał, protestant przeszedł na katolicyzm.
Ślad ręki na szybie
Ojciec Placid Bux w 1957 r. zachorował na marskość wątroby i w stanie beznadziejnym leżał w szpitalu w San Severo. W nocy zauważył, iż przy jego łóżku stoi o. Pio, który pocieszając go zapewnił, iż wyzdrowieje, później podszedł do okna, odcisnął dłoń na Szybie i zniknął. Rano o. Placid czuł się bardzo dobrze, spojrzał w okno i zobaczył na szybie odciśniętą dłoń Stygmatyka, co go upewniło, iż nocna wizyta o. Pio rzeczywiście miała miejsce. Wiadomość rozeszła się po szpitalu i po całym mieście. Do pokoju chorego o. Placido zaczęło przychdzić mnóstwo ciekawskich ludzi, aby obejrzeć odbicie dłoni o. Pio. Władze szpitala nakazały, aby je zmyć. I chociaż użyto wszystkich dostępnych środków czyszczących, śladu dłoni o. Pio nie udało się usunąć. O. Placido całkowicie wyzdrowiał i po wyjściu ze szpitala natychmiast pojechał do San Giovanni Rotondo. Kiedy spotkał o. Pio na klasztornym korytarzu , usłyszał pytanie: "Jak się czuje nasz o. Placido? Wspaniale" - odpowiedział i korzystając z okazji zapytał: "Czy rzeczywiście był ojciec u mnie w szpitalu i zostawił ślad ręki na szybie?" Patrząc mu prosto w oczy o. Pio odpowiedział: "I ty w to wątpisz. Byłem tam, ale nikomu o tym nie mów".
Dziękuję za uratowanie mi życia
Pewnego dnia po Mszy św. w zakrystii o. Pio zdejmował szaty liturgiczne. Podszedł wtedy do niego mężczyzna, który upadł na kolana i płacząc mówił: "Ojcze, dziękuję, iż uratowałeś mi życie". Był to kapitan piechoty. W czasie wojny przebywał na froncie, wokół szalała bitwa. W pewnym momencie zobaczył, iż kilkanaście metrów od niego stoi jakiś zakonnik, daje mu znak ręką i mówi: "Niech pan kapitan jak najprędzej ucieka z miejsca, gdzie pan teraz jest, i stanie obok mnie". Kapitan natychmiast podbiegł do zakonnika i w tym momencie uderzył granat, dokładnie w to miejsce, w którym przez chwilą stał. Kiedy oficer odwrócił się, aby podziękować zakonnikowi, jego już tam nie było, zniknął bez śladu. Kapitan po wojnie przyjechał do San Giovanni Rotondo i wtedy rozpoznał, iż tym tajemniczym zakonnikiem był właśnie o. Pio.
List z Czechosłowacji
Wśród wielkiej ilości listów, które nadeszły do San Giovanni Rotondo, była też korespondencja z państw bloku komunistycznego. Świadczą one o tym, iż o. Pio często udawał się tam w bilokacji. Był w Jugosławii, przy arcybiskupie Alojzym Stepinaciu podczas jego procesu. Towarzyszył prymasowi Węgier, kard. Józefowi Mindszentiemu, w czasie, gdy był w więzieniu. Sekretarz prymasa Węgier opowiadał, iż podczas pobytu w wiezieniu, w 1956 r., kardynał bardzo pragnął odprawić Mszę św. Pewnego dnia o. Pio zjawił się w jego więziennej celi, przynosząc ze sobą to, co potrzebne do sprawowania Eucharystii, choćby służył mu do Mszy św. Odchodząc zabrał wszystko ze sobą .
W Czechosłowacji władze komunistyczne, rozwiązały zakony, a księża zostali uwięzieni. Jedna ze wspólnot zakonnych sióstr prowadziła życie ukryte. Siostry nie nosiły habitów, w ciągu dnia pracowały na roli, a w nocy zbierały się na wspólną modlitwę. Właśnie te siostry napisały list do o. Pio, dziękując mu za to, iż specjalnie przyjechał do nich, aby odprawić Mszę św. Przykro im było tylko, iż o. Pio nie przyjął zaproszenia na skromny posiłek. W liście pytały również, jak udała mu się powrotna podróż i czy miał problemy na przejściu granicznym. Z tego listu wynika, iż siostry były absolutnie przekonane, że o. Pio opuścił San Giovanni Rotondo i wybrał się w podróż do Czechosłowacji. A była to podróż bilokacyjna.
Cudowny zapach
Z krwawiących ran o. Pio emanował wyjątkowy, niespotykany zapach, który przypominał mieszaninę fiołków, róż, lilii i kadzidła. Nie sposób go jednak opisać ponieważ zawiera obok znanych aromatów - nowe, dotąd nieznane elementy. Te cudowne zapachy emanowały również z przedmiotów związanych z o. Pio. Często pojawiały się znienacka, trwały krótko lub długo. O. Pio wyjaśnił, iż zapach ten jest znakiem, który mówi, iż przez jego pośrednictwo Bóg zsyła łaskę, pociesza, ostrzega przed niebezpieczeństwem, pokusą lub grzechem.
Od ludzi świętych, zjednoczonych w miłości z Bogiem, emanowała cudowna woń. I tak na przykład ciało św. Marcina de Porres wydzielało subtelny zapach. Kiedy po 25 latach od śmierci 5 otwarto jego grób, z ciała emanował ten sam aromat. Niezaprzeczalną wiarygodność faktu cudownego zapachu o. Pio potwierdzają i tysiące świadectw ludzi, którzy go doświadczyli nie tylko za życia o. Pio. ale również i po jego śmierci.
Dr Giorgio Festa przywiózł z San Giovanni Rotondo do swojego gabinetu w Rzymie, mały kawałek bandaża nasiąkniętego krwią z rany boku o. Pio. Przez długi czas ten mały kawałek płótna, zamknięty w szafce, emanował tak silnym zapachem, iż wszyscy przychodzący pacjenci pytali doktora Festę o pochodzenie tej subtelnej, niespotykanej woni.
Gwardian klasztoru w San Giovanni Rotondo - o. Rosario napisał, iż przez pierwsze trzy miesiące swego urzędowania jako przełożony o. Pio, każdego dnia czuł przedziwny zapach, rozchodzący się z celi Stygmatyka, z którym sąsiadował.
Giuseppe Onufrio z Palermo wspomina, iż podczas spowiedzi ojciec Pio trzymał go za prawą rękę. Kiedy wrócił do domu poczuł, iż prawa ręka emanuje zapachem o. Pio. Pomimo wielokrotnego mycia rąk zapach nie ustępował przez wiele dni. Ojciec Pio nałożył mu pokutę, która miała trwać przez trzy miesiące. W tym okresie Onufrio odczuwał niezwykle intensywny i przyjemny zapach. Pojawiał się niespodziewanie, a potem ustawał. Kiedy skończył się czas pokuty, zapach ustał.
Rosa Baldi miała bardzo wysoką gorączkę dochodzącą do 40°C. Lekarze byli bezradni, nie potrafili ustalić jej przyczyn. Pani Baldi wysłała swego syna do San Giovanni Rotondo, aby prosił o pomoc o. Pio. Podczas spowiedzi chłopiec poprosił ojca o uzdrowienie mamy. W dzień powrotu syna, w domu pani Baldi wszyscy poczuli niesamowity zapach. Tego samego dnia jej gorączka nagle zniknęła. W ten sposób o. Pio dał znać o swojej duchowej obecności i łasce uzdrowienia, którą wymodlił.
Przez cudowny zapach o. Pio dawał i ciągle daje znak swoim duchowym synom i córkom, iż chociażby przeżywali najciemniejszą życiową noc, największe niebezpieczeństwa i trudności, , to nigdy nie są sami, bo jest z nimi zawsze kochający Bóg. "Kiedy próby są bardzo ciężkie - pisze o. Pio - powtarzam ci w nieskończoność, iż nie musisz się lękać, bo choćby o ile widzisz, iż twa dusza stoi na skraju przepaści, to przecież jest z tobą Jezus. Musisz nieprzerwanie wznosić swój głos do nieba, choćby kiedy atakuje twą duszę strapienie i przytłacza cię samotność. Krzycz głośno razem z bezgranicznie cierpliwym Hiobem, który, doświadczając za przyzwoleniem Bożym tego, co ty teraz przeżywasz, wołał: Choćby mnie zabił Wszechmocny - ufam".
