Do tradycji kulturalno-artystycznej Instytutu Dialogu Międzykulturowego należy także organizacja licznych koncertów muzyki poważnej w zabytkowych, sakralnych przestrzeniach miasta. Do najważniejszych z nich zaliczyć należy wykonanie „Requiem” Giuseppe Verdiego, które odbyło się 31 marca 2012 roku w kościele św. Katarzyny Aleksandryjskiej w Krakowie, przy współpracy z Operą Krakowską. Niezwykłym zainteresowaniem cieszy się także prestiżowy cykl „Koncerty Katedralne” odbywający się rokrocznie w czerwcu we wnętrzach Katedry Wawelskiej. W „Koncertach Katedralnych” udział biorą najznamienitsi soliści operowi i orkiestry światowej sławy. Koncerty muzyki klasycznej, których organizatorem jest Instytut realizowane są także w Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!” .
W ramach XXIII Międzynarodowego Festiwalu Muzyki Sakralnej „Gaude Mater” w Częstochowie, Gdańsku, Krakowie, Katowicach, Lublińcu i Radomsku odbyły się liczne koncerty muzyki poważnej. Instytut Dialogu Międzykulturowego wraz z częstochowskim Stowarzyszeniem Przyjaciół „Gaude Mater” był organizatorem przedsięwzięcia zatytułowanego „Muzyka ze zbiorów jasnogórskich i wawelskich”. We wspaniałym koncercie w Katedrze Wawelskiej wystąpiła światowej sławy sopranistka koloraturowa Katarzyna Dondalska oraz zespół muzyki dawnej Capella Czestochoviensis.