Instytut Dialogu Międzykulturowego im. Jana Pawła II w Krakowie jest organizatorem i współorganizatorem licznych konferencji naukowych, seminariów, warsztatów i wykładów związanych z nauką Jana Pawła II, promujących dialog między religiami i kulturami oraz działania i postawy otwarte na inne kultury i religie. W ramach konferencji odbyło się między innymi spotkanie pt. „Powstanie Światowego Centrum Tolerancji w Jerozolimie i rola duchownych religii monoteistycznych w budowaniu dialogu” z udziałem Aleksandra Gudzowatego, a także debaty naukowe: „Krucjata bez krucjat” oraz „Ideał pierwszej wspólnoty wobec rozbitej jedności. Perspektywy pojednania”. Tematem spotkań były także kierunki wychowania dzieci i młodzieży we współczesnym świecie: „W trosce o wychowanie” oraz „Dziecko wobec wartości”.
Liczne konferencje i sympozja poświęcone zostały osobie Jana Pawła II:
Dziedzictwo Jana Pawła II Wielkiego w projektach promocyjnych i turystycznych Krakowa i Małopolski
Znaczenie beatyfikacji Jana Pawła II
Między Papieżem a Wielkim Chanem
Tajemnice zamachu na bł. Jana Pawła II
Muzyka wobec poezji i nauczania Karola Wojtyły i Jana Pawła II
Dziedzictwo Jana Pawła II nas zobowiązuje
Bierzmowanie dziejów